故事发生在遥远的2095年，天空中出现了神秘的金字塔，金字塔中所禁锢的，正是鹰头人身的太阳神荷若丝（Thomas M. Pollard 饰），为了延长自己的寿命和法力，荷若丝逃出了重重禁锢，决定在凡间找一对男女生育自己的后代，被冰冻的太空人尼科波尔（托马斯·克莱舒曼 Thomas Kretschmann 饰）不幸成为了他的目标，最终，荷若丝成功的附在了尼科波尔的身体里。
　　吉尔（Barbara Scaff 饰）拥有着能够流出蓝色泪水的特异功能，对于自己的与众不同，吉尔感到十分困惑和无奈，更糟糕的是，天赋异禀的吉尔沦为了大型医药企业的人体试验对象，这样一位可怜的女子，成为了荷若丝的目标，命运的齿轮就此开始转动。

　　根据德国民间诗史《尼白龙根之歌》和北欧《沃尔松格传说》改编。
　　铁匠齐格弗里德（班诺·福曼 Benno Fürmann 饰）在一次陨石坠落后与冰岛女王伯伦希尔（克里斯蒂娜·里奇 Christina Ricci 饰）不打不相识，并且陷入爱河。之后他杀死了作恶巨龙，并用龙血沐浴让自己刀 枪不入。可后背上一块树叶覆盖的地方没有沾到龙血成为了他的弱点。
　　齐格弗里德因杀死巨龙而被国王赏识，要将自己的公主妹妹艾丽西亚·维特 Alicia Witt 饰）嫁给他，但格弗里德已心有所属。为了达到目的国王在酒中加了药使他忘记女王爱上了公主。国王请他帮忙冰岛女王伯伦希尔，于是他戴上变形头盔，装成过国王的样子打败了伯伦希尔。伯伦希尔被他的“背叛”伤透了心，被迫嫁给国王。各怀心事的两对新人在同一天结婚。齐格弗里德最终会想起女王吗？四人将对面如何的命运呢？

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！