一次交通意外， 一个有才华但不得志的漫画家（梁朝伟 饰）遇上刚要出嫁之女鬼（王祖贤 饰），由此引出一段浪漫感人的人鬼隔世情。小女鬼來到阳间，对世事一无所知，幸遇资深女鬼（叶德娴 饰），二人互诉身世，原來叶夫早丧，因偷会嫁前情人，与子同被浸猪笼而死。小女鬼对漫画家情有独钟，暗中相助使他成为当红漫画家。但小女鬼却日渐虛弱。叶终于等到令其子转世机会，不过交换条件是要将小女鬼抓回阴间，因小女鬼实乃血魔之未婚妻子，叶为自己儿子作人，故不惜出卖小女鬼。漫画家决意闯入阴间与血魔决斗……

　　随着城市发展，麦兜住的旧区大脚咀也卷入了拆迁漩涡。不过无忧无虑的麦兜从来不会去考虑拆迁对他意味着什么，春田花花幼稚园又开学了。为了适应激烈的社会竞争，春天花花幼稚园也加入很多令人捧腹的新课程：耍赖、诈死等等。麦太在樟木头买了块墓地，为了日后能有个安身之所。时光飞逝，一切又回到了从前，回到了麦兜的父亲菠萝油王子的时代。王子跟随着师傅出行，不料遇到了一连串怪事，王子不再是王子，有人变成了他的样子回去当了王子。浑浑噩噩的菠萝油认识了阿莲——以后的麦太，过着平平凡凡、庸庸碌碌的生活，只是在夜里，菠萝油偶然会想起他的王国、眼里会呛着泪花。阿莲怀孕了，菠萝油重遇了以前送薄饼的龟仔、一起出行的师傅，他们决定回去复国了。于是菠萝油告别了阿莲，告诉他如果明天听不到一个王子复国的新闻，那就永远忘了他……

　　在非洲游历了一圈之后，纽约中央公园的四位明星们继续着回到纽约，回到中央公园的旅程。不过，只要旅途中有猩猩和那群企鹅的“帮忙”，旅程就没有想象中的那么顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，由于大家的耍宝，大闹赌场，进而招致了心狠手辣的动物管理局上尉杜波依斯（弗兰西斯·麦克多蒙德 Frances McDormand 配音）的围追堵截。为了逃过追捕，大家逃进了一个在欧洲进行巡回演出的马戏团。在马戏团里，大家延续着“马达加斯加”式的幽默，笑料百出。虽然，欧洲这一路上的旅行并不顺利，不断受到杜波依斯上尉的追捕威胁，不过大家一直怀揣着回到纽约，回到纽约中央公园的梦想。在马戏团，还帮助了东北虎维塔利（布莱恩·科兰斯顿 Bryan Cranston 配音）、美洲虎吉亚（杰西卡·查斯坦 Jessica Chastain 配音）以及海狮斯蒂芬诺（马丁·肖特 Martin Short  配音）重拾对马戏表演的信心。

　　长期带着头套的神秘猫头鹰公子，是猫头鹰帮的主脑并主持一个地下拍卖会，在拍卖会现场，猫头鹰公子的黑奴、洋妞、蒙娜丽莎画作等拍品遭到客人的鄙视，对方指定要买皇帝的第36房妃子，于是猫头鹰公子派出大盗大钢牙将36房妃掳来。气急败坏的皇帝派将军寻人不成，只好遣能言鹦鹉寻找到御前侍卫后人范士林（姜大卫 饰）接下任务。范士林联络小李飞刀传人小小李（卫子云 饰）、小鱼儿后人大白鲨（曾志伟 饰）踏上寻妃旅程。同时，猫头鹰公子一方派出忍者（秦沛 饰）阻碍他们的行动。范士林三人与沈胜义（徐少强 饰）、唐门小姐等接洽后渐渐逼近猫头鹰公子，无厘头大战一触即发……