一段深信“星星”存在的少年．鲁必奇与垃圾人．普佩，为了守护希望与梦想的冒险故事。父亲总是告诉鲁必奇，在与世隔绝、烟雾迷漫的烟囱小镇上空另一侧有著“星星的存在”，为了找出“真相”，鲁必奇与普佩展开一场大冒险。

　　一个名为“阿卡姆”的民间组织受到远古文明留下的讯息启发而成立。旨在保护及封印超古代文明的危险遗迹。加入“阿卡姆”的特殊工作人员，人们称之为SPRIGGAN。其中实力No.1的特工是一位叫作御神苗优（森久保祥太郎 配音）的十七岁少年。在土耳其的一次调查工作中，“阿卡姆”竟无意地发现了诺亚方舟。方舟隐藏着毁天灭地的神秘力量，于是很多组织都开始窥伺这个传说中的远古遗迹。美国派出了半机械改造人小队与“阿卡姆”展开激烈的遗迹争夺战。而其中一个以神自称的改造人少年竟想私自利用挪亚方舟引发第二次洪水灭世……御神苗优是否能够阻止这一疯狂的计划呢？世界将会走向灭亡吗？

　　“你是否拥有成为勇者的资格”——自称“宇宙贤者”的神秘男子“萨斯卡尔”对主角优马说的这句话，就是这场战斗的开始。他对优马施加了超乎想象的终极考验。“如果你失败了，将会失去亚刻的力量……”
　　以怪兽防灾科学调查所“SKIP”成员的身份守护星元市的和平、聚集在“SKIP”的同伴们建立起来的信赖纽带、打败怪兽的意义……这些纠缠在一起，而正是因为获得了能够变身为奥特曼的光，现在又被萨斯卡尔玩弄于股掌之间，优马只能独自承受接二连三来到的沉重使命!
　　狂暴的大怪兽们、邪恶的外星人，在连时空都被扭曲的超次元中，黑色的亚刻奥特曼——“基尔亚刻”出现了。
　　优马——亚刻奥特曼究竟能否战胜超越“想像力”的终极考验，守护未来呢? !