在一个迥异鬼魅的社会，上百层的高楼大厦拔地而起，俨然构筑了一个全然封闭的城市乡镇。居住在138层的女子高中生藤崎（藤崎露琪诺 饰）此前很长时间没有去学校，这一天她乘坐交通工具“移动机筒”赶往学校，不同身份的乘客相继走入，带着各异的目的去往他们的楼层。谁知意外毫无征兆发生，移动机筒因爆炸事故突然停止运行。突如其来的状况，让所有人的命运发生转变。原本甘心受戮的死囚犯仿佛窥到一线生机，因此展开拼死搏杀。逼仄的轿厢内，人间地狱骤然降临。
　　在此过程中，藤崎好像发现自己拥有某种奇特的能力，而她的命运也变得愈加扑朔迷离……

　　青木照（妻夫木聪 饰）在毕业旅行途中所搭乘的新干线遭遇了不明事故，抛锚在了漆黑的隧道之中。同样被困住的，还有青木的同级生濑户雅子（神田沙也加 饰）和高桥伸雄（山田孝之 饰）。三人在等待救援无果之后决定凭借自己的力量走出隧道，却在此过程中遭遇了一连串诡异又可怕的事件，最终，高桥疯了，意志力强大的青木和雅子抵达了隧道的终点。
　　本以为终于可以获救的两人震惊的发现，和隧道里的黑暗寂静相比，外部世界的疯狂和暴力才是真正的可怕所在。整个世界都沦陷了，天地之间一片荒芜的景象，活跃的是激进的自卫队和早已经变异扭曲的前人类。

　　剧情简介：
　　这是一部描绘非线型历史的神话故事。
　　人类大战持续了将近50年，世界由此分化为大亚细亚连邦共和国和欧共体两大阵营。持久战结束后，大亚细亚连邦共和国终于取得了胜利，并统治了欧洲和亚洲部分大陆，但战利品并不可观，除了土地的荒废，人心的慌乱外，还残留了很多战争后遗症。比如一些在战场上使用过的杀伤性化学武器、细菌武器、核武器等等。
　　这一情形告诉我们拯救人类、拯救社会、拯救世界刻不容缓，人类处于即将崩溃的状态。怎样去面对这一切？怎样去寻找重生的道路？社会呼唤有志之士勇敢地战出来给这个被战争荒废了世界寻找一个公道。在这样危急的时刻，东博士提倡“完整地制造出人类所有器官的新造细胞”理论，这一理论在学术会上得到了认可。东博士的爱妻绿已久病卧床不起，为了把妻子从死神手中夺回来，东博士也必须完成这个研究。但社会保健部门从研究初期开始就企图独吞这一成果，为了顾全大局东博士在不断让步的情况下，着手开始这项研究。在东博士的呕心沥血的研究下，新造人类终于诞生。但原本是以拯救人类为目的制造的“新造细胞”到头来却于人类为敌，把人类赶进血的世界……

正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。
　　另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强制带走，在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发生了变化，在红色光球的力量之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是因为变身不完全，能量快速消耗，在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。
　　真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了儿子继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而产生变异的"THE ONE"重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格已经被"THE ONE"取代,已经成为不能变回为人的状态。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆，并且为了跟儿子继梦的约定，为了保护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m，在间接部有像流血般的红色，两肘的特征是出现肘刀。现在，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火开始燃烧了！