时为公元2202年。
　　自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。
　　在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，
　　与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。
　　在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。
　　伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。
　　这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？
　　期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。
　　如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。

　　美日战争爆发，14岁的清太带着年幼的妹妹到处逃命，当他们到达防空洞的时候，母亲已身受重伤，没过多久便不久人世。两兄妹自此过着相依为命的日子。他们只好投靠了母亲的姐妹，纵使他们把家里所有的家当都送给了阿姨，但当食物吃完，他们就越感到了寄人篱下的感觉，清太决定带着妹妹离开独自生活。火灾硝烟中的生活并不好过，清太为了妹妹四处偷取食物，但妹妹还是严重营养不良……

　　故事发生在第二次世界大战爆发几天后的东部战线，纳粹德军的党卫队司令官Martin Linz意图唤醒出十二世纪东征十字军的超能力部队，并组成幽灵军团来攻占苏联。片中的五位年轻主角Nadya、Leo、Zena、Marat、Valya是在苏联军队中接受了手术改造的异能士兵，而他们的任务即是尽全力消灭这批幽灵兵团，以击败纳粹司令官的野心。

统一历1926年。 谭雅·冯·提古雷查夫少校所率领的帝国军第二〇三航空魔导大队， 在南方大陆发起攻打共和国军残党的战役。 他们期待着凯旋休假，但在本国等待着他们的却是参谋本部的特命。 命令称“联邦国境附近有大规模动员的征兆”。 面临新的巨人的觉醒，不顾一切的帝国军自然地将战果扩大…… 与此同时，联合王国主导的多国籍义勇军踏入了联邦内部。 敌人的敌人即是朋友。 被国家理性所引导，迎来多舛命运的他们之中，有一位少女。 玛丽·苏准尉。 她为了向杀害父亲的帝国讨回正义，而拿起了枪。

　　遥远的，遥远的，时空的彼方。
　　宇宙里有一群自称为“黄金一族”的人。
　　创造星群、拥有预知未来能力的他们，向其他还没有成熟的种族发出了呼唤：“启程吧！从自己的母星，到宇宙去……”。
　　三个种族回应了他们的呼唤。
　　黄金族把他们分别称为：白银族、青铜族、英雄族。
　　当黄金族决定离开这个宇宙，到另一个宇宙去时，出现了新的回应者——靠着自己的力量冲出宇宙的第四种族——人类。
　　黄金族把他们称为“黑铁族”。

　　混沌初开，世界分成东西二星，隔空向往，在龙之御使的守护下发展出迥异的文明。正值战国乱世的东之星，尾张傻瓜织田信长（宫野真守 配音）和属下明智光秀（樱井孝宏 配音）、丰臣秀吉（梶裕贵 配音）目睹了武田家强大战铠的惊人威力，内心受到极大触动。与此同时，西之星的美丽少女贞德·辉夜（日笠阳子 配音）因为能够听到天启，而被人们看作是恶魔附体的人。某天她遇见天才发明家列奥纳多·达芬奇（杉田智和 配音），达芬奇偷偷开走竹取号，带着贞德和最新研发的战铠“奥世铠”来到东之星。信长意外启动了西之星人无法操控的奥士铠，他俨然成为了传说中的救星王。他为贞德取名兰丸，这个女子从此成为愚者信长生命中最重要的存在。
　　战国乱世，东之星和西之星的乱战也即将拉开序幕……

　　以军事大国埃雷波尼亚帝国作为舞台，4部系列作以托尔兹军官学院特科班「VII班」的黎恩·舒华泽等人为主角，描述他们在动荡的帝国中努力开拓属于自己崭新道路的物语。而本次动画化也将以原作为基础，描绘在塞姆利亚大陆西部的故事。

　　外宇宙から現れた謎の光が地球に向けて進んでいく。その光球飛行物体が通り過ぎていった各惑星の前線基地からの通信が次々と途絶し、さらに光球飛行物体は急速に地球に接近、地球側も迎撃ミサイルで応戦するも効果はなく、地球上に悠然と降り立ったそれは、超大型ミサイルであった。そして後から地球に押し寄せて来た大艦隊の奇襲攻撃に地球艦隊は為すべも無く壊滅し、地球は瞬く間に制圧される。
　　暗黒星団帝国はヤマトの在処を示せと要求、超大型ミサイルは重核子爆弾で、地球の中間子質量を破壊し、人類の脳細胞を一挙に死滅させることが出来ると脅してくる。
　　古代達ヤマトの乗組員達は、英雄の丘に集結、森雪のもたらした地球防衛軍長官からの極秘命令を受け小惑星イカルスへと向かう。しかし森雪は途中で負傷し、一人だけ地球に取り残されることになる。地球から決死の脱出を果たした一行がイカロスに着くと、そこにはヤマトが隠されていた。
　　ヤマトの乗組員たちは、重核子爆弾の起爆コントロールが敵母星であることを突き止め、爆発を阻止するために40万光年の航海に旅立つ。