小智（松本莉香 配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。
　　在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士...”
　　本部剧场版是《神奇宝贝》动画系列的第二十部电影。该部电影的剧情是系列动画第一集《神奇宝贝！就决定是你了！》的改编，描述小智与皮卡丘踏上成为宝可梦大师的冒险之旅。

　　故事的舞台是制作充满梦想的动画的工作室“KOHATA动画工作室”，巴加在这间工作室里，被制作动画的人们养育成长。工作室外有浮在池子里的鸭子朋友们，巴加的每一天都幸福快乐。在一个人们都离开了工作室的夜晚，巴加不经意间望向屋外，看到了鸭子们被猫咪袭击，巴加能否拯救到朋友们呢？夜晚中不可思议的冒险现在开始！

　　教会历526年——。世界上有魔女存在，“魔术”也得到普及。然而，世界还并未知晓“魔法”的存在。在这样的时代里，还有着被人们蔑称为“堕兽人”的半人半兽的佣兵。他就这样每日被魔女觊觎着，还梦想着能成为人类，直到某天在森林中遇到的美丽魔女改变了他的命运。“——想变回人类吗？那么佣兵，成为吾辈的护卫吧！”自称为零的魔女说自己的【零之书】——一本一旦使用不当甚至可能毁灭世界的魔法书不知被谁盗走，现正在寻找这本书的旅途中。佣兵以零使用力量帮助他成为人类为条件，接受了成为自己最讨厌的魔女的护卫的要求。围绕着禁断的魔法书，人们的思绪开始纷乱交错……。
　　高贵的魔女与温柔的兽人所带来的极上幻想剧。

　　隶属于BASS的佣兵克里斯（凯文·道尔曼 Kevin Dorman 配音）奉命前往某处洋馆调查武器走私案件，哪知道在那里遇见了国际通缉犯格伦（约翰·德米塔 John DeMita 配音），两人交手数回合之后，格伦夺路而逃。
　　大学教授瑞贝卡（艾琳·卡希尔 Erin Cahill 配音）正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂（马修·默瑟 Matthew Mercer 配音）汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。