如果，樱花掉落的速度是每秒5厘米，那么两颗心需要多久才能靠近？
　　少年时，贵树（水桥研二 配音）和明理（近藤好美 配音）是形影不离的好朋友，可很快，一道巨大的鸿沟便横亘在两人中间：明理转学，贵树也随着父母工作的调动搬到遥远的鹿儿岛。在搬家前，贵树乘坐新干线千里迢迢和明理相会，在漫 长的等待后，茫茫大雪中，两人在枯萎的樱花树下深情相拥，并献出彼此的first kiss，约定着下一次再一起来看樱花。
　　时光荏苒，两人竟再没见过，虽然在人海中一直搜寻彼此的身影，但似乎总是徒然。再后来，他们分别有了各自的生活，只是还偶尔会梦到13岁时的这段青涩而美好的感情，才明白当年怎么也说不出口的那个字就是爱。

　　吾辈是一只虎皮猫，名叫Chobi，生活在一个平凡的四口之家，家里人对我都很好，我也乐得自由自在，懒散度日，可是这家人不知道是无心还是故意，出来进去总会踩到Chobi我的尾巴。电脑前的各位，你们这群没有尾巴的人类当然不会理解，尾巴被踩到的喵星人究竟有多疼痛，多么郁闷！更令吾辈无法忍受的是，这家人装傻充愣，完全没有注意到我这颗受伤的心灵和尾巴。夜幕降临，他们围坐在一桌，边看电视边吃饭。吾辈蹲坐在窗前，构思着一个可怕的复仇计划。这个计划足以令傲慢自大的人类悔之不及。
　　颤抖吧！人类！喵星人的复仇即将开始！

普通的大学生绫濑雪弥，因为堂兄石井铁夫欠钱而被拍卖。买下他的男人狩纳北是在经营金融业，因为绫濑以前帮助过他而报恩，不过凌濑并不记得这件事。

　　虹原茵可（田村由香里 配音）是一名高中三年级的女生，虽然已经十七岁的，但身高只有一米五的她看起来像个小学生一样。身高问题是茵可的死穴，每每被戳到死穴，她都会暴跳如雷。茵可暗恋着名为小直（上田佑司 配音）的男生，小直是茵可青梅竹马的玩伴，两人自幼便相识，为了能够待在小直的身边，茵可决定帮助小直补习他十分不擅长的英文，但前提是，茵可会变身为拥有超能力的魔法少女。
　　亭亭玉立温文尔雅的大小姐黑威澄（户松遥 配音）也同样喜欢着小直，她也拥有变身成为魔法少女的能力，猫君（桧山修之 配音）是她的魔法使。

　　人世间存在着大大小小的谜团，当这些谜团被解开之时会释放出或强或弱的能量，食脑奈罗（子安武人 配音）就是专门食用这些能量的魔族，当魔界再无可以解开的谜团之后，他来到了人世，只为了寻找那能够满足他的极致的谜团。
　　桂木弥子（植田佳奈 配音）是一名拥有着悲惨过去的高中女生，她的父亲死于非命，然而凶手至今未被找到。命运让充满了谜团的弥子和憧憬着谜团的奈罗相遇了，在奈罗的帮助下，弥子终于解开了事件的真相。之后，奈罗和弥子开设了魔界侦探事务所，弥子虽为名誉上的所长，但真正运转侦探社，解开谜题的却是拥有着恐怖魔人力量的奈罗，两人联手解开了一系列匪夷所思的案件，使得黑暗的人性在光天化日之下无处遁形。

物理学家海因茨·施奈德遇害事件的重大嫌疑犯爱丽丝被黑道悬赏了巨额赏金。女性赏金猎人娜蒂在墨西哥遇到爱丽丝，但她不是来逮捕爱丽丝的，而是奉主雇的要求来保护爱丽丝的。爱丽丝要去南方的故乡，娜蒂决定陪伴爱丽丝一同前进，但是大路前方，是赏金猎人里卡多、神秘少年L.A的埋伏，而娜蒂的主雇茱迪小姐，也似乎有所隐瞒。学者道格拉斯·罗森伯格则按兵不动，似乎一切都在他的计划之中。魔女的传说，路途的危机四伏，娜蒂与爱丽丝能到达她们的目的地吗？

　　今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。
　　作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。

　　“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。
　　在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事件”的状况，八神疾风考虑到设置能够迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处理与太古遗产关连任务的特殊部队——“机动六课”。
　　另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而几乎丧命之际，由于奈叶的出现而得救。因为憧憬著如同“自己理想中的形象”一般的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决定。
　　四年后，经过一番波折而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的伙伴蒂雅娜·兰斯特共同挑战魔导师的升格试验。于远处凝视著两人考试的，分别是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以注意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告试验开始的ReinForce II（统御之力zwei）的声音，拉开了“StrikerS”故事的序幕。

　　今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。
　　作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。