自从与小主人安迪告别后，胡迪（汤姆·汉克斯 Tom Hanks 配音）和他的伙伴们在小女孩邦妮家安顿下来，不仅成为了邦妮（玛德琳·麦格劳 Madeleine McGraw 配音）的心爱之物，还结识了一批新伙伴。转眼之间，邦妮也要进入幼儿园啦，她用灵巧的小手把一个餐叉做成了玩具带了回来，并且热爱有加。胡迪虽然稍感失落，却还能欣然接受。只不过叉叉（托尼·海尔 Tony Hale 配音）似乎认定自己只是垃圾，一次次逃走跳进垃圾桶里，这可给胡迪找了不少麻烦。不久，邦妮一家外出旅行。叉叉故技重施，想方设法逃走，结果在追逐他的过程中，胡迪和叉叉便与邦妮家失散了。
　　在流浪途中，胡迪意外重逢久未谋面的牧羊女（安妮·波茨 Annie Potts 配音），与此同时，新的冒险也就此展开……

　　故事发生在1978年美国科罗拉多州的一座小镇中，芬尼（梅森·泰晤士 Mason Thames 饰）是生活在那里的一名少年。芬尼有一个妹妹名叫格温（玛德琳·麦格劳 Madeleine McGraw 饰），两人的母亲在早年间去世了，如今，他们兄妹两人和性格暴躁的父亲（杰瑞米·戴维斯 Jeremy Davies 饰）过着相依为命的日子。
　　小镇上接连发生了5起儿童失踪的案件，在犯罪现场均留下了黑色的气球。谁也没有想到，芬尼成为了绑架犯的下一个目标。当芬尼从昏迷中醒来时，发现自己被囚禁在了地下室中，地下室的墙上有一台断了线的古董电话，神奇的是，这台电话竟然响了。电话那头的，是曾经被绑架犯残忍杀害的孩子们，他们决定用他们各自的力量，来帮助芬尼死里逃生。

　　由于在“内战”中站到了美国队长一方，蚁人斯科特·朗（保罗·路德 Paul Rudd 饰）遭到了FBI的禁足惩罚。眼看离真正的自由还有几天功夫，偏偏麻烦找上门来。原来初代蚁人汉克·皮姆（迈克尔·道格拉斯 Michael Douglas 饰）通过研究发现，他的妻子黄蜂女（米歇尔·菲佛 Michelle Pfeiffer 饰）一定还活在量子领域，而斯科特是能够将妻子带回现实世界的唯一希望。不由分说，汉克的女儿霍普（伊万杰琳·莉莉 Nicole Lilly 饰）将斯科特带出房间。此后不久，他们不仅要躲避FBI的纠缠，更要提防来自神秘势力的袭击，而“幽灵”的出现更将斯科特等人带向前所未有的混乱当中。
　　斯科特能否顺利获得自由？初代黄蜂女是否还存活在量子领域的某处？