故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　故事发生在遥远的未来世界，此时，人类对于太空的勘探已经发展到了成熟的阶段，梅尔（内森·菲利安 Nathan Fillion 饰）是太空船“宁静号”的船长，每一日，梅尔都驾驶着他的“家”，穿梭在浩瀚的宇宙之中。
　　宁静号拥有九名乘客，这九人地位悬殊，个性迥异，每一个人都有着一段不可告人的灰暗往事，而他们脱离陆地登上宁静号，亦有着各自不同的理由。九人唯一的共同点在于，他们都是地上世界中的“刺头”。为了维持生计，宁静号接纳一切能够赚钱的任务，其中甚至有些看起来并不是那么合法，与此同时，梅尔船长亦要带领他的船员们设法逃脱联邦政府的追踪。