经过艰苦的激战，汽车人夺回饱经战火的母星赛博坦。擎天柱表彰了大黄蜂等部下的功勋，随即和千斤顶踏上了前往宇宙深处寻找火种源的漫长之旅。另一方面，宇宙大帝唤醒沉睡在海底的威震天（Frank Welker 配音），对他的力量进行升级，以期消灭普神，创造混沌纪元。拥有光速的威震天，气势汹汹向赛博坦逼近。与此同时，大黄蜂等人一面进行赛博坦的复建工作，一面防备红蜘蛛和震荡波等人的侵袭。谁知此时，两只巨狰狞的出现让一切陷入混乱。似乎感受到霸天虎的衰落，拥有原始兽性的巨狰狞冲云霄蠢蠢欲动，为祸四方。 　　赛博坦黎明的前夕，和平远远未曾到来，最可怕的远古军团即将复活……

　　2005年，经过多年的正邪之争，汽车人终于将霸天虎赶出地球。然而威震天却率领部众入侵了汽车人的总部塞伯坦行星，擎天柱留下通天晓等战士驻守地球，自己则带人马于塞伯坦旁边的两颗卫星建立秘密基地，计划对霸天虎施以致命一击。但是计划被霸天虎侦得，威震天率先对行星和地球的汽车人发起攻击。战斗中擎天柱不幸牺牲，威震天也伤势严重。
　　弥留之际，擎天柱将领导模块传给通天晓。而邪恶的宇宙大帝为了摧毁阻碍自己的领导模块，拯救了被红蜘蛛背叛和抛弃的威震天，将其改造为更为强大的惊破天。汽车人和霸天虎新一代领导人相继浮出水面，正邪大战不断升级……

　　又是一年圣诞节即将到来，冰川上的老朋友们自然不会错过这个重要的节日。松鼠斯克莱特（Scrat）仿佛来到了天堂，因为到处都有用来装饰用的松果，他也惹出不少乱子和笑话。另一方面，猛犸象曼尼正在推着一枚巨大光亮的圆石，他称之为“圣诞石”，是猛犸象家族世代流传的宝物。相传圣诞节见到这枚石头就会知道这家里有小孩子存在，从而留下礼物。曼尼的女儿小桃分外激动，他们的欢笑声也引来了剑齿虎以及惹祸精希德。希德声称只有用漂亮的圣诞树才能吸引圣诞老人的注意力，可是他却阴差阳错弄碎了圣诞石。曼尼非常生气，他称希德已经上了圣诞老人的黑名单，与此同时他又否认圣诞老人的存在。
　　为了证明圣诞老人的真实性，希德和小桃踏上寻找的旅途……

　　故事发生在地球大战的40年之后，将结合全新的人物与迷友们熟知多年的老人物一起，从全新的角度来讲述一段新的变形金刚的故事。
　　博派与狂派均已解散并回到了塞伯坦。擎天柱与威震天的时代结束后，如今的塞伯坦进入了三人执政时期。然而，一项古代科技成了新的威胁，  这股力量能够将多名变形金刚组合为一个身形巨大的、更具威胁力的形态——组合金刚。谁将挺身而出面对这一威胁，以保护四百万年后来之不易的脆弱和平呢？

　　布鲁斯·韦恩失踪了。
　　夜翼和罗宾替他在哥谭市巡逻的时候，阿尔弗雷德为他打掩护。
　　一位新成员，蝙蝠女侠，在调查蝙蝠侠的失踪事件。

　　Batman has been captured by the hazardous Harley Quinn. Chained and dangling over a tank of ravenous piranhas, how on Earth can the Dark Knight escape certain death?!

　　The third season began on March 14, 2009 with the three-part premiere, "Transwarped", and ended on May 23, 2009. This season following the events of "Transwarped" focused on the Autobots' attempt to reach Cybertron in order to warn the Autobot High Council of Shockwave, who has been masquerading as Autobot Intelligence Officer Longarm Prime. Meanwhile, Megatron, Starscream, Shockwave (who replaces Blitzwing as a main character), and Lugnut plan to use the colossal Autobot Omega Supreme for constructing clones of him (dubbed as Lugnut Supremes, as they appear similar to Lugnut).

　　This season began merely two whole weeks after the first season had ended, on April 19, 2008, with the airing of "The Elite Guard", and ended on July 5, 2008, with the two-parter, "A Bridge Too Close". The season revolved mainly around the Autobots in the aftermath of Megatron's return, trying to restore the city and their image. Meanwhile, Megatron, Lugnut, and Blitzwing have captured Prof. Sumdac in order to build a Space Bridge, hoping to use it to conquer a weakened Cybertron from within. A sub-plot also focuses on Sari as she searches for her father, while learning that there is no record of her existence of any means. Also, Blackarachnia (originally Elita One) has been reduced to a minor recurring character, only appearing in one episode of the entire season ("Black Friday").

　　擎天柱，热浪，巨石，追踪和刀锋相继通过扫描获得了恐龙形态，在一次次救援行动中逐渐学会了控制并使用这种新的形态。同时在这一季中，擎天柱把老战友海潮请来，对救援汽车人进行海上救援的训练。之后不久，又有新的塞柏坦伙伴——打捞和啰嗦加入到救援队列中来，他们之间又会碰撞出怎样的火花呢？

　　汽车人和霸天虎的战斗绵亘了几个世纪都未曾结束，而他们的后代——巨无霸和原始兽，更将新一轮的战斗推向了史前时代。在寻找新能源的途中，霸王龙（David Kaye 配音）指挥原始兽通过时空跳跃来到史前地球，而巨无霸也在擎天圣（Garry Chalk 配音）的带领下尾随而至。双方的拉锯战仍在继续，不久连早已盘踞在该星球的外星人沃克人也卷入其中。而穿越时空者身上承载的未来的信息，让外星人大为惊恐，由此使得战斗更加激烈。在此之后，霸王龙发现了汽车人留在地球的战舰方舟号，为了改变霸天虎战败的历史，他们试图摧毁处在沉睡中的擎天柱。
　　攸关全宇宙命运的战斗，在远古时代提前拉开了序幕……

　　BotBots are Transformer robots that disguise themselves as everyday mall objects. By day, these BotBots hide quietly on store shelves. But, at night, they jump into adventure until a group of BotBots called ‘The Lost Bots’ run into the mall security guard and put all the bots in danger. Will these misfits be able to overcome their differences, defeat the security guard and gain acceptance in the eyes of the other bots?

　　Jonathan Fall是一位心地善良但很菜鸟的船长，他无意中发现自己是在为一个可怕的国际犯罪集团掌舵一艘走私船，该集团利用他作为替罪羊，以防当局的追捕。

　　为了阻止原始兽得到行星盖亚上的神秘能源——阿古莫亚。巨无霸在白狮擎天柱的率领下，与威震天率领的机械军团展开了战斗。

　　为了阻止原始兽得到行星盖亚上的神秘能源——阿古莫亚。巨无霸在白狮擎天柱的率领下，与威震天率领的机械军团展开了战斗。

　　宝贝老板意外与圣诞老人的精灵互换身份，还被困在了北极，平安夜就此发生惊人转折。