Six months on, Ted (Jane) and Amanda (Chamoun) investigate a bizarre local murder and an exotic drug ring, whilst Amanda tangles with an old enemy and a new love, and Ted’s past stalks him and his family to Crimson Lake – with deadly consequences.

太平洋战争初期，美军将兵力投入欧洲战场，无力挽回菲律宾战事，导致一万名美军、六万名菲军在巴丹半岛被俘。日军一直残酷对待这些战俘，军部更于1944年一月决定屠杀俘虏，这部电影，讲述的就是发生在44年一月四天中的故事。 　　游骑兵上尉普林斯分属幕西中校的队伍，他们接受了在麦克阿瑟将军北上过程中营救某战俘营里500名美军的任务，由于日军对待战俘毫不留情，此次行动必须高度隐秘。同一时间，战俘营中的少校吉布森（约瑟夫?费因斯 Joseph Fiennes 饰）正艰难的为生存和获取外界信息而努力，虽然当地有护士玛格丽特等人想法设法为战俘提供帮助，但缺药的状况一直存在。为执行屠杀命令，宪兵军官长井接管了战俘营，而战俘营外，游骑兵战士们经过秘密行军终于抵达了目的地，营救成败，很快就要揭晓……

　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

　　太平洋战争初期，美军将兵力投入欧洲战场，无力挽回菲律宾战事，导致一万名美军、六万名菲军在巴丹半岛被俘。日军一直残酷对待这些战俘，军部更于1944年一月决定屠杀俘虏，这部电影，讲述的就是发生在44年一月四天中的故事。
　　游骑兵上尉普林斯分属幕西中校的队伍，他们接受了在麦克阿瑟将军北上过程中营救某战俘营里500名美军的任务，由于日军对待战俘毫不留情，此次行动必须高度隐秘。同一时间，战俘营中的少校吉布森（约瑟夫•费因斯 Joseph Fiennes 饰）正艰难的为生存和获取外界信息而努力，虽然当地有护士玛格丽特等人想法设法为战俘提供帮助，但缺药的状况一直存在。为执行屠杀命令，宪兵军官长井接管了战俘营，而战俘营外，游骑兵战士们经过秘密行军终于抵达了目的地，营救成败，很快就要揭晓……

　　第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。
　　此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。
　　在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

　　上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。
　　此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。