全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
经过上百万年的进化，熊猫一族经历了无数艰难险阻，走到今天。虽然濒临灭绝的熊猫接受了人类的细心呵护，但是一场史无前例的灾难即将席卷它们的栖息地，狂风暴雨会引发洪水，毁灭熊猫一族。担心子孙的命运，祖先们向熊猫菩萨（赵忠祥 配音）请教，菩萨预言将有一只继承了祖先们智慧的超级熊猫降生，拯救本民族的命运。与此同时，森林中名叫潘迪（何炅 配音）的小熊猫诞生，此时此刻他还并不知晓自己所肩负的使命。 调皮顽劣的潘迪惹出不少的麻烦，也经历了诸多的考验，同时结交了许多的好朋友。在祖先之一（李扬 配音）的冥冥指引下，潘迪逐渐担当起本族未来的重任……
故事围绕着五位少年的校园生活展开，双胞胎兄弟浅羽悠太和佑希，和他们的青梅竹马——冢原要和松冈春，以及转校生橘千鹤。一个个清新淡雅的画面，描绘了五位少年一段段幽默温馨的青春故事。 在漫天樱花飞舞中，穗稀高中的学生迎来了开学典礼。四名少年曾经在春天相遇，之后便共同度过了许多个春天，今年的他们成为了穗稀高中的二年级生。新学年的开始，冢原要强迫佑希参加学校的社团，运动神经很发达的佑希却情愿躲在家里看漫画……不久后，个性活泼外向的混血儿橘千鹤转到他们班上，原来他曾经是佑希的童年玩伴。自此，五人开始了属于他们的简简单单但又真真实实的青春生活。
DVD特典剧情是TV中英文的部分，后面还有TV中未播放的部分，这里说的是日语，不是TV中的英语。讲述正传世界创造者沙耶和艾因的故事。
故事讲述一个看起来非常平凡的幼稚园学生松崎小美有一个不可告人的秘密 ── 那就是她在自己的卧室里和一群不可思议的迷你动物生活着：天真活泼的小尔、喜欢胡闹的健太以及永不疲倦的依沙。他们是从异次元空间“动物横町”来的居民，不知何时在小美新家的卧室里建造了一扇可通往动物横町的秘密之门。而动物横町的其他角色也随之一一登场……
