被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，凭着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。但是，当新十郎对案件越发思考之时，他便发现某些地方的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更渐渐与某件大事件扯上关系。
这是一个忍者依旧活跃在舞台上的世界。然而和过去不同，如今的忍者多为富翁和政治家效力，帮助他们干一些见不得人的勾当，这样失去了信仰的忍者被称为“恶忍”。为了对抗日益壮大的恶忍势力，政府建立了半藏学院，将那里作为培养“善忍”的地方。 天真活泼的焰（喜多村英梨 配音）、出身贫困却有着格外坚韧的意志的咏（芽野爱衣 配音）、沉默寡言丝毫不表露任何感情的日影（白石凉子 配音）、看上去像个小孩其实对自己身材十分在意的未来（后藤沙绪里 配音）、腹黑狡猾但实际上充满了母性光辉的春花（丰口惠美 配音），在学校里，这五名少女相遇了。
2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成人后，数码宝贝也将随之消失…。预告中字幕表明这是“太一他们最后的故事” ，结尾则注明：献给所有和数码宝贝一起成长的“孩子”们，还有亚古兽注视着长大成人的太一的背影，“太一，你长大了呢”。
在前作《创圣大天使》中，故事设定在创圣纪0011年，地球上的人类由于11年前的大异变而失去了三分之二的人口。南极冰层溶化使得被认为1万2千年前已灭亡的“堕天翅族”亚特兰蒂亚复苏，他们将生物机械兵器“神话兽”接连送入人类都市捕获人类的生体能源“Purana”，决心反击的人类从海底遗迹发掘岀三台组合战斗机“Vector Machine”──1万2千年前将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。这部于05年播出的TV动画，在7年后的2012年1月番再次上演新的传说，延续1万2千年前的传说。 在新的故事中，男主角的名字已经确认为阿马塔，其设定为虽然看上去有些弱气及容易动摇，但一遇上要保护的事物时，就会比其他人更为坚强，这样的阿马塔也已经确认由近期不少作品也找他来当主角的梶裕贵担任，继《罪恶王冠》之后，梶裕贵再次突破天际。已本作的两位女主角也已经确认为是米可罗及洁西卡，两人分别由茅野爱衣及花泽香菜担当，这三人组合在《罪恶王冠》里已经一起主演了，今次《创圣大天使EVOL》将这组合再次搬上，而且花泽香菜配声的洁西卡更是女主角之一，气份当然不会少了。另外，本作的声优还有中村悠一、浪川大辅、铃村健一及中岛爱等，都是一些人气不错的常见声优们。 继《创圣大天使》的经典同名主题曲《创圣大天使》，这次的《创圣大天使EVOL》再次找来AKINO担任主唱。新主题曲的名字再叫作《君之神话 ~创圣大天使第二章》，负责编曲及作曲的当然仍是菅野洋子，在这次公开的新PV中已经能够率先试听，在本PV中，大家当然还能看到SATELIGHT及河森正治出色的大天使设定，全CGI的制作，其流畅度、设计及战斗都真不是其他制作社能够比拟的，这样的大作大家也没理由不看吧。
男主姚跃是耀阳皇城内政治家族姚家的私生子。更不幸的是，姚跃还是个傻子。他却变成了大家族政治联姻的牺牲品。这事一度成为了耀阳皇城内最大的笑饼。由于豪门利益纠纷，姚跃被人陷害差点死在了禁地绝妖渊当中，但机缘巧合之下，他被远古天妖皇之血入体改造了体质，从此他的人生彻底改变，他踏上了镇杀异族，统领万妖，振兴人族的霸者之路。接下来他又在各大皇室学院安排的对战任务当中，以弱击强杀出一条血路，成为了年青一代当中的顶尖人物。
遥远未来，世界人口数在迎来巅峰后，开始呈现下降的趋势。人类为了让物种繁荣存续，制作出管理生态系的AI，并执行「人类多样化实验」。常人、兽人、魔族等经过遗传因子改造诞生的「多样人种」，在环绕高壁的生活圈之中，打造出被称作「CLUSTA」的「多样城镇」。有着丰富人口的「CLUSTA」，在各地都有不同的文化发展以及适合在地生活的人类居住。 为了不面临灭绝，人们都在AI的管理下度日──。
大宫忍（西明日香 配音）是一位平凡的十五岁少女，黑瞳黑发，从头到尾，从里到外都是标准日本少女样貌的她，其实有过寄宿在英国家庭的经历。忍的个性成熟而又稳重，温文尔雅，但却又十分执着，有着自己的主意和想法，不会轻易动摇。 回到日本后，忍意外的收到了一封来信，写信的是名叫爱丽丝（田中真奈美 配音）英国少女，她是忍在英国寄宿家庭房东的女儿。爱丽丝告诉忍，这一次，她决定前往日本，来忍家寄宿。追随爱丽丝而来的，是她的青梅竹马九条可怜（东山奈央 配音），拥有典型外国人样貌的她实际上是混血儿。围绕着三位活泼可爱的少女，充满了快乐和温馨的校园喜剧正式拉开序幕。
